说白了，你就不是Markdown的目标用户。发表paper就老老实实的用word或者latex就好了，非要碰Markdown干啥？
Markdown的好处和缺点一样明显。为什么说简洁轻量？就是因为它不会支持很多复杂的排版，简单的排版已经能完成80%的工作了，剩下的你说的那些，包括页眉页脚页码、分栏、切换字体字号等等，它就是完不成，或者很难完成，需要借助HTML等。
术业有专攻，如果真的有银弹，那也就不需要这么多排版软件了，但现实就是没有。
为什么不用office word？Markdown一般用作简单的说明文档，一般比如程序中的README.md，这个可以很好地和Git版本管理软件使用，能够清晰地被版本记录管理，word是做不到的。Markdown的应用场景基本都在这里。对于程序说明文档，一般来说，并不需要特别复杂就能完成；如果是API说明文档，会用到更加专业的标记语言，也不太会用Markdown了。
不要神化Markdown，能用就用，不能用就用别的，何必和一个工具较劲呢？
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